Радянський Союз реалізував свій план окупації країн Балтії 14 червня 1940 року, у той самий день, коли німецька армія окупувала Париж. Звинувативши Литву в порушенні договору, СРСР висунув ультиматум, вимагаючи ввести додаткові війська Червоної Армії в Литву. Він також вимагав сформувати прийнятний для Радянського Союзу уряд і віддав під суд міністра внутрішніх справ Казімєраса Скучаса та директора Департаменту національної безпеки Августінаса Повілайтіса. Уряд піддався ультиматуму лише після довгих дискусій. Президент Антанас Сметона передав владу прем'єр-міністру Антанасу Меркісу і залишив країну. Війська Червоної Армії перетнули кордон Литви 15 червня 1940 року.
Радянський спецпризначенець Деканозовас прибув до Каунаса з СРСР того ж вечора, коли радянські війська перетнули литовський кордон. Він мав переконатися, що входження країни до складу СРСР відбуватиметься згідно з планом Кремля. Піддавшись його вимогам, виконуючий обов’язки президента Антанас Меркіс погодився на формування так званого «народного уряду» на чолі з лівим журналістом Юстасом Палецкісом, а потім пішов у відставку. Новий прем'єр узурпував роль президента.
Спочатку окупаційні сили не створювали нових інституцій, а просто намагалися заволодіти існуючими, поставивши на керівні посади комуністів. 19 червня 1940 року Департаментом національної безпеки було призначено Снєчкуса, секретаря Центрального комітету Комуністичної партії Литви. Був створений потужний репресивний апарат. Як і в СРСР поступово реструктуризувався Управління національної безпеки, створювалися нові підрозділи та залучалися нові кадри, переважно прислані з інших радянських республік.
Нова влада слухняно взялася за виконання волі Москви. 5 липня були оголошені вибори до так званого Народного Сейму. Відповідно до нещодавно прийнятого закону про вибори, кандидатів можна було висувати лише на зборах працівників, які скликали окружні виборчі комісії. Кількість кандидатів повинна була дорівнювати кількості членів парламенту, які обиралися від кожного округу. Вибори в Литві, Латвії та Естонії пройшли в один день, 14 липня.
Результати виборів були сфальсифіковані. Списків виборців не було, і людина могла голосувати в обраному ним окрузі. Голоси за кожного окремого кандидата навіть не рахувалися. Вища виборча комісія оголосила, що на виборах проголосувало 99,51 відсотка виборців, а Союз трудящих Литви (іншої партії не було) набрав 99,19 відсотка голосів. Справжні результати виборів залишалися таємницею.
Останній етап входження країни до складу СРСР розпочався після виборів до Народного Сейму. 21 липня 1940 року Сейм проголосив Литву Радянською Соціалістичною Республікою та оголосив про її приєднання до СРСР. 22-23 липня були прийняті декрети про націоналізацію землі, банків і важкої промисловості. Того ж дня було обрано Головний Комітет, який відправили до Москви, щоб «повернути сталінське світло» – так писали заголовки в газетах, описуючи місію Комітету. Верховна Рада СРСР прийняла три країни Балтії до складу СРСР між 3 і 6 серпня 1940 року на екстреній сесії.
Переслідування ворогів режиму почалося з першого дня радянської окупації. 12-16 липня 1940 року було заарештовано понад 500 осіб: переважно громадські діячі, політики, військові незалежної Литви. Восени 1940 року новостворений Народний комісаріат внутрішніх справ Литовської Радянської Соціалістичної Республіки (НКВД ЛРСР), а з березня 1941 року Народний комісаріат державної безпеки (НКГБ) розпочали очищення країни від антирадянських елементів. Ворогами радянської влади вважалися колишні політичні та громадські діячі, члени інших партій і організацій, урядовці, селяни і навіть колекціонери та еспарантисти. За рік було заарештовано понад 11 тисяч осіб.
Александрас Стулгінскіс – підписант Акту про незалежність Литви (16 лютого 1918 р.), міністр без портфеля 2-го кабінету уряду Литовської Республіки (26 грудня 1918 р. – 12 березня 1919 р.), віце-прем’єр-міністр 3-го кабінету, Міністр внутрішніх справ, харчування та громадських робіт (12.03.1919 – 12.04.1919), міністр землеробства та народного майна в 4-му кабінеті (12.03.1919 – 7.10.1919), голова Установчого Сейму (15.05.1920 – 13 листопада 1922), а з 19 червня 1920 він також обіймав посаду президента Литовської Республіки. 21 грудня 1922 року Стульгінскіс був обраний президентом Литовської Республіки. Перебував на посаді до 7 червня 1926 р. З 19 грудня 1926 р. до 12 квітня 1927 р. був головою ІІІ Сейму. У 1927 році Стульгінскіс відійшов від активної політичної діяльності.
Александрас Стульгінскіс був заарештований 7 червня 1941 р. Депортований та ув'язнений в Росії: у Володимирській центральній в'язниці та в різних таборах ГУЛАГу. 27 лютого 1952 р. Особливою радою засуджений до 25 років ув'язнення. У червні 1941 року дружину Александраса Стульгінскіса Она Стульгінскене було заслано до Комі АРСР.
Під час першої радянської окупації люди зазнали депортацій та примусового переселення у віддалені регіони Радянського Союзу. Перші масові депортації почалися в ніч на 14 червня 1941 року і тривали до 19 червня. Цілими родинами – батьків, бабусь і дідусів, дітей і новонароджених – радянські спецслужби забирали з дому, часто без дозволених 100 кілограмів багажу. Залишене майно влада, як правило, конфісковувала та перерозподіляла. За ці кілька червневих днів було депортовано понад 18 тисяч осіб. Жінок і дітей відправляли на заслання, а чоловіків – у в’язниці чи концтабори.
Більшість депортованих вивозили в Алтайський край Росії, де вони проживали в бараках і землянках. У червні 1942 року майже половина з них була перевезена з Алтаю на північ Якутії. Голод і антисанітарія викликали хвороби, багато людей померло. Першими хворіли і помирали діти. Менше половини депортованих 1941 року повернулися до Литви. Перші повернення розпочалися лише через 15 років з моменту депортації.
Литва з першого дня німецько-радянської війни опинилась на лінії фронту та відразу відчула весь жах вторгнення. Німецька армія з одного боку бомбардувала радянські військові об’єкти на території Литви, а з іншого – Червона Армія, відступаючи, але все ще тримаючись за владу в умовах воєнного стану, грабувала країну і гнобила людей.
Найбільше постраждали арештовані. Деякі були розстріляні на місці, наприклад у Правенішках або в сусідньому місті Тельшяй. У багатьох місцях по всій Литві разом із громадянами вбивали невеликі групи в’язнів. Велику кількість політичних в'язнів не оминула розправа. Особливо жорстоким було насильство над ув'язненими в м. Червень (у Білорусії). Комуністичний режим вбив їх, стріляючи в натовп людей. Так було засуджено до смертної кари близько 100 в'язнів Каунаської в'язниці і лише небагатьом з них вдалося втекти.
Становище в'язнів концтаборів СРСР погіршилося після початку війни. Між 1941 і 1944 роками близько 3000 литовських в'язнів загинули або були розстріляні, а понад 3000 зникли безвісти.