Радянська агресія проти Латвії почалася 14 червня 1940 року, коли радянські військові кораблі встановили морську блокаду. Наступного дня радянські силовики влаштували напад на прикордонну заставу, убивши кількох людей. 16 червня 1940 року в Москві радянський уряд висунув ультиматум, вимагаючи від Латвії сформувати новий уряд і дозволити необмеженій кількості радянських військ увійти до Латвії. Як привід було використано нібито порушення Латвією зобов'язань за Договором про взаємодопомогу. Зіткнувшись з переважаючою військовою силою, уряд Латвії піддався ультиматуму і 17 червня 1940 року вся країна була окупована радянськими військами.
Понад 25 000 радянських військовослужбовців були розміщені на військових базах на латвійській землі вже до кінця 1939 року. Починаючи з 17 червня 1940 року додаткові 90 000 радянських військ увійшли до Латвії та взяли під повний контроль її територію. У липні 1940 року радянське міністерство оборони вирішило створити Прибалтійський військовий округ, який охоплював окуповані країни Балтії. Його штаб-квартира знаходилася в Ризі. Латвія мала стати театром воєнних дій у разі збройного конфлікту з нацистською Німеччиною.
Радянський емісар Вишинський прибув до Риги, щоб контролювати формування колабораціоністського уряду, який офіційно розпочав роботу 20 червня 1940 року.
Демократизацію використовували як прикриття для радянізації. Нова влада організувала незаконні вибори до парламенту, кандидатами могли бути лише комуністи та їхні довірені особи. Новий парламент зібрався 21 липня 1940 року, щоб проголосити Латвію радянською республікою та вимагати її членства в Радянському Союзі. Процес анексії було оформлено 5 серпня 1940 року рішенням Верховної Ради СРСР у Москві.
Радянська окупація запустила справжній терор проти політичної та культурної еліти незалежної Латвії або будь-якого потенційного противника комуністичного правління. До липня 1940 року було заарештовано, ув'язнено, вбито або вислано до Радянського Союзу 26 000 осіб. Радянські силовики почали діяти в Латвії ще до її анексії. Вищі офіцери прибули з Радянського Союзу для організації репресій проти латвійського населення, місцевих колабораціоністів залучали до НКВД і переслідування співвітчизників.
Радянський терор досяг свого апогею 14 червня 1940 року, коли 16 000 латишів були насильницьки депортовані до таборів або місць примусового поселення в СРСР. Ця депортація торкнулася також малих дітей та людей похилого віку. Етнічна приналежність не була головним фактором. Радянські спецслужби складали списки депортованих за соціальною ознакою. Близько 5 000 дорослих чоловіків було розлучено зі своїми сім'ями та відправлено до таборів для ув'язнення або розстрілу, а членів сімей відправлено в місця примусового поселення без права повернутися додому. Рівень смертності становив близько 50% у таборах і 25% у примусових поселеннях.
Раптовий напад нацистів на Радянський Союз і швидке просування німецьких військ спричинили хаос в окупованій Латвії. Радянські війська безладно відступали. Служби безпеки піддалися паніці та стратили сотні латвійських патріотів та політичних в’язнів, підозрюваних у шпигунстві. Разом із військами намагалися втекти колабораціоністи, прихильники комуністів та дезорієнтовані цивільні. Майже 50 000 латишів виїхали до СРСР, у тому числі близько 20 000 євреїв, які справедливо побоювалися нацистських переслідувань.