Радянський спецпризначенець Деканозовас прибув до Каунаса з СРСР того ж вечора, коли радянські війська перетнули литовський кордон. Він мав переконатися, що входження країни до складу СРСР відбуватиметься згідно з планом Кремля. Піддавшись його вимогам, виконуючий обов’язки президента Антанас Меркіс погодився на формування так званого «народного уряду» на чолі з лівим журналістом Юстасом Палецкісом, а потім пішов у відставку. Новий прем'єр узурпував роль президента.
Спочатку окупаційні сили не створювали нових інституцій, а просто намагалися заволодіти існуючими, поставивши на керівні посади комуністів. 19 червня 1940 року Департаментом національної безпеки було призначено Снєчкуса, секретаря Центрального комітету Комуністичної партії Литви. Був створений потужний репресивний апарат. Як і в СРСР поступово реструктуризувався Управління національної безпеки, створювалися нові підрозділи та залучалися нові кадри, переважно прислані з інших радянських республік.
Нова влада слухняно взялася за виконання волі Москви. 5 липня були оголошені вибори до так званого Народного Сейму. Відповідно до нещодавно прийнятого закону про вибори, кандидатів можна було висувати лише на зборах працівників, які скликали окружні виборчі комісії. Кількість кандидатів повинна була дорівнювати кількості членів парламенту, які обиралися від кожного округу. Вибори в Литві, Латвії та Естонії пройшли в один день, 14 липня.
Результати виборів були сфальсифіковані. Списків виборців не було, і людина могла голосувати в обраному ним окрузі. Голоси за кожного окремого кандидата навіть не рахувалися. Вища виборча комісія оголосила, що на виборах проголосувало 99,51 відсотка виборців, а Союз трудящих Литви (іншої партії не було) набрав 99,19 відсотка голосів. Справжні результати виборів залишалися таємницею.
Останній етап входження країни до складу СРСР розпочався після виборів до Народного Сейму. 21 липня 1940 року Сейм проголосив Литву Радянською Соціалістичною Республікою та оголосив про її приєднання до СРСР. 22-23 липня були прийняті декрети про націоналізацію землі, банків і важкої промисловості. Того ж дня було обрано Головний Комітет, який відправили до Москви, щоб «повернути сталінське світло» – так писали заголовки в газетах, описуючи місію Комітету. Верховна Рада СРСР прийняла три країни Балтії до складу СРСР між 3 і 6 серпня 1940 року на екстреній сесії.